如何做趋势分析？

原标题：如何做趋势分析？

趋势分析（Series Test of Cluster）是基因表达分析研究中的一种重要方法，可用来挖掘具有相同表达模式的基因。简单来说，趋势分析实质就是按照表达趋势对基因进行归类。

那么，有没有简单的做趋势分析的工具呢？当然有，我这里用OmicShare 的趋势分析工具作演示。据不完全统计，目前已有近20篇SCI文章使用OmicShare 的趋势分析工具进行数据的分析和可视化。

https://omicshare.com/tools/

数据准备

数据的样式如下图，第1列为gene id，之后的列为相应时间点的基因表达量数据（组内数据取均值，建议“时间点”限制到3~5个）。你可以使趋势分析工具页面右侧的“例子”选项下的“趋势分析例子文件”进行练习。点击示例文件后，在弹出的数据页面，通过右键/另存为下载数据，得到的数据为制表符分隔的txt文件。

当然你也可以使用自己的数据，但在上传数据前必须用Excel把你的数据另存为制表符分隔的txt文件。基因集可以是全部基因，但需要设置“基因筛选的最小变化倍数”进行数据过滤，推荐使用分组之间差异基因（并集）进行趋势分析。

参数设置

参数设置就简单了，1. 点选择文件按钮上传数据文件；2. 提交，如下图，其他参数保持默认即可。

需要重点理解的是“5：基因筛选的最小变化倍数”这个参数。在趋势分析前，需要过滤掉那些表达量没有变化的基因，默认过滤掉表达量差异倍数小于2的基因。当然，如果使用差异基因集做趋势分析可不用在意这个参数。趋势数量设置为20也足够了，不建议超出50个。

如果对趋势分析的算法原理感兴趣，可以查看周老师的帖子，